Teren rezerwatu otoczony rozrastającym się miastem jest enklawą przyrodniczą stolicy. Spotykane tutaj zbiorowiska roślinne są ściśle związane ze sposobem użytkowania zbiornika wodnego i otaczających go terenów. Część południowa, wykorzystywana w sezonie letnim jako kąpielisko, pozbawiona jest szerokiej strefy szuwarów i roślinności wodnej. Znacznie bogatsza jest strefa północna, gdzie cały brzeg zajmuje roślinność szuwarowa, w której dominuje trzcina pospolita. Między jej pióropuszami wyrastają pałki oraz manna mielec. Wschodni brzeg jeziorka porastają kępy kosaćca żółtego, który pięknie zakwita wiosną. Z pasem trzcin graniczą kępy turzyc poprzeplatane roślinami łąkowymi. Północno-zachodni brzeg jeziorka porastają głównie gatunki łąkowe.

Florę wodną reprezentują, m. in. moczarka kanadyjska, rzęsa drobna, strzałka wodna, rogatek sztywny. Inne rośliny, jak żabiściek pływający i osoka aloesowa występują lokalnie w zatoczce południowego fragmentu jeziorka. Wśród roślin zakorzenionych o liściach pływających na uwagę zasługuje chroniony grążel żółty, który tworzy duże skupiska pokrywające powierzchnię wody w północnej, płytszej części zbiornika.

Na terenie rezerwatu stwierdzono występowanie 46 gatunków drzew i 27 gatunków krzewów. Część z nich, to pozostałość łęgu jesionowo-wiązowego i wierzbowo-topolowego. W krajobrazie wyróżniają się piękne czarne topole o rozłożystych koronach oraz dorodne drzewa porastające wysoką skarpę tarasu nadzalewowego na zachodnim brzegu jeziorka.

[http://miasteria.pl/miejsce/Jeziorko-Czerniakowskie-Warszawa.html]